一、质量监督管理股，其主要职责为：负责公路、水路交通建设工程造价控制、工程质量的监督管理和质量检验评定。（负责人及工作人员暂未定）

二、港航管理股，加挂海事管理股牌子，其主要职责为：指导全区海事管理工作，指导港口、岸线、水上交通运输设施、船舶和浮动设施管理、修造与检验监督工作；负责航道管理、航标设置以及航道通航技术标准审核审查工作和协调水资源综合利用、航道通航条件影响评估；负责编制海事监督、船舶检验、航道、港航的新建改建（养护）工程项目年度计划；参与指导全区水路运输及运输服务业的行业管理工作；参与编制全区水路交通发展规划计划；指导监督水路工程建设，参与组织协调水上突发事件应急处置工作；参与指导全区水上交通安全监督，指导防止船舶污染水域、通航秩序和通航环境管理工作；参与调查、处理水上交通事故和船舶污染事故；指导船员培训、船员考试有关工作；按规定权限管理和发布航行警（通）告；负责渔船检验的审批发证工作；组织协调全区交通运输系统防汛抗旱工作。（负责人及工作人员暂未定）

三、计划基建股，其主要职责为：组织拟订全区公路、水路交通运输行业中长期发展规划和年度计划；负责管理公路、水路交通建设项目前期工作的审查、审批、报批和后期评估工作；负责交通行业基础设施技术改造、引资项目的管理工作；负责全区站场建设的前期、建设管理和后期评价工作；负责交通行业统计、预测和信息引导工作；承担交通扶贫有关事项；组织实施公路、水路交通运输基础设施建设行业政策和技术标准；负责管理和监督全区公路、水路建设市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理与监督；负责交通建设项目资金拨付的审查工作和项目竣工验收；协助上级部门实施国家、省级公路（包括汽车站场）、干线航道（包括港口码头等）工程项目建设；监督管理公路、水路交通建设和定额、造价控制等有关工作；负责管理公路、水路交通建设工程监理的资格审查和备案。（负责人及工作人员暂未定）

四、安全监督股，其主要职责为：负责指导全区水上交通和交通运输企业、事业单位安全运输和安全生产的监督管理工作，监督实施道路、水路运输、公路、水路工程建设和已运营交通基础设施等安全生产政策法规，组织实施国家有关水上交通安全法律和规章，参与交通系统重大恶性事故的调查处理工作。负责指导、管理局直属单位的消防工作。（负责人及工作人员暂未定）

五、运输管理股，加挂交通战备办公室牌子，不再加挂港航管理股牌子，其主要职责为：负责全区公路、水路运输（包括旅游运输、大件和危险品运输等）、客货汽车场站、港口码头、城市公共客运行业的管理；负责全区汽车（摩托车）驾驶员培训和运输服务、车辆维修、搬运装卸、汽车检测的行业管理工作；负责指导交通企业的企业管理、企业改革改制等工作；负责组织抢险救灾等重要物资运输，按规定承担物流市场有关管理工作；负责与有关部门建立综合运输体系协调配合机制；负责全区交通运输信息化规划及建设工作。贯彻执行国家国防交通工作的方针、政策和法律、法规、规章、拟定本区有关国防交通工作的规定；负责拟定全区国防交通保障中长远规划和年度计划并组织实施，为全区的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责国防交通的工程管理和国防运力的动员组织工作；负责指导、检查、监督全区的国防交通工作，协调处理有关问题。（负责人及工作人员暂未定）

六、法制股，加挂行政审批服务股牌子，整体划入原行政审批服务股承担的职责，其主要职责为：负责道路运输（含城市客运）、水路运输经营许可工作；负责公路路政许可工作；指导、协调全区交通运输系统的行政审批工作；协调并审批相关工作。组织开展交通运输行业重大政策研究，指导交通运输行业体制改革工作；组织拟定全区交通运输规范性文件；承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉和规范性文件审核备案工作。根据国家有关政策，拟定有关行业管理措施的规范性文件，并负责组织实施；承担局机关有关规范性文件的合法性审查；负责交通法制宣传、行政复议和执法监督工作；负责管理交通行政执法、承办人大代表建议、政协委员提案及信访工作；指导交通行业精神文明建设、执法队伍建设；负责公路、水路治理“三乱”工作；承办相关的行政诉讼工作。负责依法行政考核评议、行政检查方案制定和监督实施工作；指导全区超限超载运输治理、保护路产路权；指导全区公路路政队伍、装备建设，组织、指导全区公路路政执法队伍的执法培训。（负责人及工作人员暂未定）

七、财务审计股，其主要职责为：负责局机关和指导、监督全区交通行业的财务会计工作；负责交通国有资产的监督管理；负责交通建设项目资金的请款、拨付；负责局机关和直属单位控购的审查报批；负责本系统的内部审计工作。（负责人及工作人员暂未定）

八、办公室（人事股），其主要职责为：组织协调局机关的日常运转工作；起草重要报告和综合性文件，负责值班、文秘、综合调研、政务公开、政务信息、督办、机要、保密、档案、接待、修史编志和机关后勤、物业管理工作；负责有关重要会议的组织工作；负责交通系统计算机网络管理、负责局机关及指导直属单位的社会综合治理、平安创建、安全保卫、计划生育等工作；负责局机关干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；按照规定管理直属单位领导干部及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、养老保险和医疗保险、干部职工教育培训管理等工作；指导交通系统成人教育、职业技术教育和离退休人员管理。（负责人及工作人员暂未定）

九、机关支部负责局机关和所属单位的党群工作。（负责人及工作人员暂未定）